Il gene SHANK3 è localizzato nella porzione terminale del braccio lungo del cromosoma 22 ed appartiene alla famiglia dei geni SHANK. La famiglia Shank è costituita da tre membri noti: SHANK1, SHANK2 e SHANK3. Le proteine Shank ​​hanno una funzione essenziale nella comunicazione delle cellule cerebrali, perché giocano un ruolo nel realizzare il collegamento tra le cellule nervose.

La mancanza di una copia del gene SHANK3 interferisce con la corretta funzione della cellula nervosa e con la comunicazione fra cellule nervosa. Comprendere la funzione di SHANK3 potrebbe portare allo sviluppo di trattamenti più mirati sia nei soggetti con la PMS , sia in quelli portatori di mutazioni SHANK3.

Soggetti con mutazioni nel gene SHANK3 mostrano gli stessi sintomi caratteristici della PMS, cioè scarso tono muscolare, assenza o ritardo del linguaggio, ritardo cognitivo e anomalie minori al viso. Inoltre, individui con mutazione in SHANK3 possono mostrare sintomi comportamentali che rientrano nella categoria di un disturbo dello spettro autistico (ASD). Si stima che circa l'1% degli individui con ASD è portatore di una delezione o mutazione di SHANK3.

Il sequenziamento genetico del gene SHANK3 è in grado di identificare la mutazione sul cromosoma 22. Il test array-CGH (ibridazione comparativa del genoma basata su array) consente di identificare specificamente la delezione 22q13 e le sue dimensioni.